Jak każda dieta, tak i dieta proteinowa – ma również swoje wady. Dieta proteinowa z całą pewnością nie jest błyskawiczną dietą cud, głodówką czy też drastyczną kuracją, z której szybko zrezygnujemy. Do najczęściej wymienianych minusów diety Dukana zalicza się monotonię posiłków, ale dotyczy to przede wszystkim fazy pierwszej, kiedy należy sięgać tylko po produkty białkowe. Pomimo dużej ilości dopuszczalnych składników, może się pojawić zniechęcenie do przygotowywania ciągle tych samych dań. W czasie trwania pierwszego etapu diety, u wielu osób pojawia się uczucie osłabienia oraz zmęczenia. W tym czasie zaleca się unikanie intensywnego wysiłku fizycznego, więc dla osób regularnie trenujących sport, dieta ta nie do końca może być odpowiednią. U niektórych osób w trakcie kuracji doktora Dukana pojawiać się mogą zaparcia oraz częste oddawanie moczu. Ważne więc, aby pozostawać pod opieką lekarza, który na bieżąco będzie kontrolował stan naszego zdrowia.